2.立法实践的缺陷
2.1 食药行政犯罪构成的定量标准不明确
在刑法总则、分则包括《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》中，经常出现“严重后果”、“严重损失”等词语，缺乏定量的规范，给行政执法机关对案件的刑事违法性及案件是否应该移交的判断造成很大难度。
2.2刑法的规定过于宽泛、笼统
刑法的规定过于宽泛和笼统，各条款定义有交叉、重合的部分。从而使衔接过程灵活性增大、准确性降低。如《中华人民共和国刑法》第143条规定：“生产、销售不符合卫生标准的食品，足以造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾患的……”；《刑法》第144条规定：“在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料的，或者销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品的……”那么，用农药敌百虫腌制肉制品导致该批肉制品不符合卫生标准的，应适用于刑法143还是144条，该如何判断？即便是《最高人民法院、最高人民检察院关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》也未对其做出解释。
2.3处罚结果衔接困难，罚款与罚金之间数额轻重不相适应
根据“罪刑相适应”原则，刑法除增加人身罚之外，对同一种类违法犯罪行为设定的罚金下线也应高于罚款上限，不给违法者选择的机会。但从食药法规来看，罚款的数额远远高于罚金的数额，在具体的案例中，90%食药犯罪的案子罚金均在五千到两万不等，远远小于行政罚款。另外，《行政处罚法》第28条规定：“违法行为构成犯罪，人民法院判处拘役或者有期徒刑时，行政机关已经给予当事人行政拘留的，应当依法折抵相应刑期。违法行为构成犯罪，人民法院判处罚金时，行政机关已经给予当事人罚款的，应当折抵相应罚金。”那么当行政机关准备移交案件的行政罚款数额远高于罚金时，能否处罚后再移交，这样是否违反了刑事优先原则，如果直接移交不进行行政处罚，那么双重责任的承担又该如何体现？
2.4法律未明确司法机关向行政机关案件的移交程序
《刑法》第37条规定，对于免于刑事处罚的案件，可由主管部门给予行政处罚，但未规定具体流程。《行政处罚法》中也仅涉及行政机关向司法机关移送案件，对司法机关向行政机关的案件移送未作出规定，从而导致司法机关向行政机关移送难实现，因此，被司法机关撤回、不起诉、无罪宣判、免于刑事处罚的案件一旦司法环节终结，很少会被通知或退回行政机关给予行政处理。
（二）两部门衔接行为认定标准不统一
1.犯罪故意难以确定。案发后犯罪嫌疑人往往拒绝承认犯罪故意，而案件落实中又难以认定为“应知或者明知”。行政机关对此难以权衡和考量，导致两部门案件移交标准不统一。案例一：王某在一农村市场里售卖“云南白药创可贴”经当地药监局检查时发现，经查实系假药，当地药监局认为符合《中华人民共和国刑法》第141条“生产、销售假药罪”，于是将该案移交公安，经公安机关调查，当事人并不知道创可贴是药品，购进的假创可贴与真创可贴的进货价格也相差无几，更使当事人难以意识到自己购进的创可贴是假货，依据刑法总则第16条规定：“行为在客观上虽然造成了损害结果，但是不是出于故意或者过失，而是由于不能抗拒或者不能预见的原因所引起的，不是犯罪。”此案最终因无法认定“犯罪故意”导致证据不足不能认定其犯罪事实，公安机关未予立案。
2.对证据把握的差异。行政机关仅注重物证、书证、鉴定意见，而司法机关还将证人证言、被害人陈述、犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解、现场勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录、视听材料、电子数据等也作为重要的诉讼证据，同时要求证据要经过查证属实，与待证事实有内在联系，并经合法渠道和方式取，要形成完整的证据链条，才能作为定案的根据。《中华人民共和国刑事诉讼法》（2013.1.1实施）第48条对证据有完整的规定。案例二：贾某开办一酒厂，于2014.5.6生产许可证已过期，当地药监局到该厂检查发现该厂无许可仍在进行生产活动，经查，许可证过期后厂家所生产的产品货值七万余元，于是将该案移交公安机关，公安机关于2014.11.10到厂调查时发现，该厂所生产的产品上生产日期并没有按实际生产的日期打印，厂房里居然还堆放着2016年生产的产品，故导致产品真实生产日期无法认定，也就无法认定该厂许可证到期后所生产的产品货值。公安机关还发现，该厂白天只有两名工人在厂。经调查，这两名工人对这些产品是何时生产的、生产了多少毫不知晓。该厂负责人表示自许可证到期后，很多工人都走了，他又自己花钱从外面请的散工，散工也是干一两天就走了。公安机关无法认定货值又没有旁证、佐证等，最终因证据不足，犯罪事实无法认定，检察院未提起公诉。
