有机食品是卫生安全性最高的
食品，其对人类健康和
环保具有积极的意义。但
有机食品的加工也面临着有害因素的危害。
专业从事有机食品研究和认证的国家环保部有机食品发展中心（OFDC）的专家认为，在加工过程中，应保持设施、设备的卫生状况良好，并使用合理的工具和科学的熏蒸措施，以保障有机食品的完整性和卫生安全性、促进有机食品产业健康发展。
有效预防是关键
据环保部有机食品发展中心的专家介绍，在有机食品加工中，为预防有害生物的发生，应优先采取以下措施：1.消除有害生物的孳生条件。2.防止有害生物接触加工设备。3.通过对温度、湿度、光照、空气等环境因素的控制，防止有害生物的繁殖。
允许使用机械类、信息素类、气味类、粘着性的捕害工具、物理障碍、硅藻土、声光电器具，作为防治有害生物的设施或材料。
对有机加工中的鼠类、苍蝇、昆虫等有害生物的侵害，应以预防为主。首先，要定期清理、清洗加工、储存、运输设施和仓库、运输工具等，保持加工区内外环境的清洁，不使有害生物有生存的条件。多数加工厂完全有条件搞好卫生，其卫生方面的严重问题主要是由于管理不力造成的。一个企业要从事有机食品加工业，须首先解决管理方面的问题。
其次，在不能完全杜绝有害生物侵害的情况下，可采取以下应对措施：硬化车间、仓库和厂区地面，门窗安装防护网、棚栏，布设杀虫灯、机械鼠夹、粘鼠板、粘蝇纸，还可饲养能捕鼠的猫；尽量防止有害生物接触到有机食品原料、半成品，特别是成品。需要特别注意的是，在控制有害生物尤其是鼠害的时候，很多加工厂习惯于用剧毒化学品来拌诱饵，且有的就放置在食品加工和储存场所，这些都不符合有机标准要求。
第三，温度、湿度、光照、空气等方面的控制措施也是防治有害生物发生、繁殖和危害的有效手段，如低温冷藏、干燥保存、真空或密闭储存等。现代加工、仓储和运输业在这方面积累了丰富经验，这些手段基本上都是有机加工所允许使用的，因此，有机加工者应尽量多采取这些措施来控制有害生物。
科学使用防治药剂
在有机食品加工中，允许使用以维生素D为基本有效成分的杀鼠剂，且可使用有机产品标准的第1部分附录B中的物质。
以维生素D为基本有效成分的杀鼠剂可让老鼠吸收维生素D过量，使钙盐广泛沉积于老鼠全身的各组织器官。而钙是许多凝血酶原的激活剂，钙的过量会促进凝血过程，使老鼠出现各种症状，导致老鼠死亡，且不会产生化学鼠药的二次污染。
在有机加工的有害生物防治措施中，允许使用有机产品标准第1部分附录B中的物质，即有机作物种植允许使用的植物保护物质，应该说这也是比较宽松的，因为，在有机作物种植中允许使用的植保物质很多，如各类植物制剂杀虫剂、驱避剂、石灰、硫磺、微生物制剂等。
采用合理熏蒸措施
据环保部有机食品发展中心的专家称，在有机食品加工或贮存场所遭受有害生物严重侵袭的紧急情况下，提倡使用中草药进行喷雾和熏蒸处理；限制使用硫磺。如果必须使用常规熏蒸剂对有机食品加工设备或贮存场所实施熏蒸，则须先将有机产品及其原料移出熏蒸场所；熏蒸后至少经过5天，才可将有机产品移回经过熏蒸的场所。禁止使用持久性和致癌性的消毒剂和熏蒸剂。
有机加工与贮藏场所在紧急情况下，允许使用中草药喷雾和熏蒸，也允许有限制地使用硫磺熏蒸，这是指原料、半成品或产品在场的情况下可采用的措施。而允许用常规熏蒸剂实施熏蒸的前提是在熏蒸前，必须将所有的有机原料、半成品或产品移出车间、仓库等接受熏蒸的区域，并将它们转移到安全区域，然后才能对车间、仓库等熏蒸；熏蒸后要经过5天，待熏蒸剂挥发了，才允许将原料、半成品或产品搬回原处。且所用的熏蒸剂不能是有持久残留性和致癌性的农药或消毒剂。
在有机认证检查时，检查员需重点了解的是：有机食品认证申请者是否在
有机原料、半成品或产品等物品未移走的情况下使用过熏蒸剂，以及物品移入时是否符合对熏蒸剂挥发时间的要求。目前，有机食品加工、仓储、运输业界对用物理和生物方法控制加工、仓储中的虫害的技术要求很高，且已有一些比较先进的适合有机加工、仓储、运输的技术推出，如对密封库房或移动设施中的产品进行低氧处理的设备，就是一种先进的空气控制系统，无毒无害，可对谷物、水稻、种子、香料、烟草、坚果、干果等产品中的虫害进行控制。该设备所对应的密封库的容积从1到500吨不等，处理时间则根据产品和虫害情况而定，从3到9小时不等。
目前，我国也有人在从事中草药熏蒸等研究工作。
重视环境卫生
据环保部有机食品发展中心的专家介绍，为保障有机食品质量和环境卫生，废弃物的净化和排放或贮存设施应远离有机食品生产及加工区，且不得位于生产区上风向。贮存设施应密闭或封盖，便于清洗、消毒。
排放的废弃物必须达到相应标准。
从事有机食品业的宗旨是保护人类健康及生态环境，因此，有机产品加工应比常规加工更注意环境的卫生和对环境的保护，不允许以牺牲环境为代价来获取“有机产品”。否则，这样的产品不能够也不该被认可为有机产品。
有机食品认证检查员在检查时，会要求申请者出示当地环保部门在加工厂建立时所作的环境影响评价报告，对已运转多年的加工厂，也会要求加工厂出具当地有关部门出具的环境检测报告，以证明加工厂的运作没有违反环保要求、其废弃物排放也符合标准。检查员一般会在现场检查工厂的环境状况，如发现问题严重，会要求有机加工厂进行整改。
