从事有机食品生产经营的单位或个人，可以根据所从事的有机食品经营活动的种类，向有机食品认证机构申请“有机食品基地生产认证”、“有机食品加工认证”或“有机食品贸易认证”，取得相应的认证证书。申报程序：
（1）申请者向国家环境保护总局有机食品发展中心(简称OFDC)索取申请表。
（2）申请人将填好的申请表传回中心，中心根据申请表所反映的情况决定是否受理。若同意受理，则书面通知申请人，申请人向中心交纳申请费后，中心将全套调查表及有关资料寄给申请人。
（3）申请人将填好的调查表寄回中心，中心将对返回的调查表进行审查。若未发现有明显违反有机食品颁证标准的行为，将与申请人签订审查协议；一旦协议生效，中心将派出检查员，对申请人的生产基地、加工厂及贸易情况等进行现场审查（包括采集样品）。
（4）检查员将现场检查情况写成正式报告报送OFDC颁证委员会。
（5）颁证委员会定期召开会议，对检查员提交的检查报告及相关材料依照有关程序和规范进行评审，并写出评审意见：同意颁证、有条件颁证或不能获得颁证。
（6）给通过认证的有机生产、加工和贸易者颁发销售证书并签订《OFDC标志使用协议》。
（7）OFDC有机认证标志的有效期为一年，即只对申请认证的当年种植的作物或产品有效。认证的基本要求是从产品生产基地到产品销售的全过程跟踪审查，对作物已收获的基地一般不再受理认证。因此，只要确定了生产基地，即可申请预审查。有效期满前三个月需重新办理申请认证手续。