2014年3月4日，新疆维吾尔自治区人民政府办公厅印发《新疆维吾尔自治区食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定》，组建新的自治区食品药品监督管理局，为自治区人民政府直属机构，挂自治区食品安全委员会办公室牌子。

   新组建局整合了原自治区食品安全委员会办公室、原自治区食品药品监督管理局、质量技术监督局生产环节食品安全监督管理、工商行政管理局流通环节食品安全监督管理等职责；增加了承担国家食品药品监督管理总局下放的药品、医疗器械质量管理规范认证等职责；加强了食品安全制度建设和综合协调等职责；界定了与自治区农业厅、林业厅、畜牧厅、水产局等10个部门的职责分工。

   新组建局内设机构15个，与原来相比增加5个，分别为：办公室、综合处、法制处、食品生产监管处、食品流通消费处、风险监测与应急管理处、注册管理处（中药民族药监管处）、药品化妆品生产监管处、药品化妆品市场监管处、医疗器械监管处、稽查局、科技标准和信息化处、新闻宣传处、人事教育处、规划财务处，另设机关党委、监察室（与纪检组合署办公）和离退休人员工作处。