东北农业大学食品学院始建于1958年，在全国最早开设畜产品研究方向的本科专业。1988年10月东北农学院农业工程系畜产品加工教研室和园艺系园产品加工教研室、基础部食品化学教研室合并，组建食品科学系；1998年10月经黑龙江省教委批准成立食品学院。2003年被国家批准为食品科学与工程学科博士后流动站，是东北农业大学“九五”、“十五”期间和“211工程”重点建设学科，黑龙江省特聘教授岗位设置学科。

　　 目前，食品学院具有一个一级博士授予学科-食品科学与工程,四个硕士授予学科-食品科学，农产品加工与贮藏工程，粮食、油脂及植物蛋白工程，水产品加工与及贮藏工程；四个本科专业-食品科学与工程、食品质量与安全、粮食工程、乳品工程，其中食品科学与工程专业是黑龙江省重点专业。