美国联邦法典（CFR）第9卷第2章“关于对口蹄疫、胸膜肺炎、牛瘟及其他畜禽传染病的控制和消灭”作出了详细的法律规定。同时，针对禽流感亚型的多样性和多变性，以法律形式明确了高致病性禽流感定义，对加强防范外来高致病性禽流感及口蹄疫等重大动物疫病有很强的指导意义。
确定疫病存在 同各州签署合作协议
美国动植物卫生检疫局局长（以下简称局长）经授权，邀请各有关州当局与农业部共同对相关规定的疫病开展控制和消灭工作。
根据各州当局与农业部签署的关于控制与消灭此类疫病实施检疫限制、命令和指令的协议，局长经授权代表农业部，同意与各州合作开展疫病控制与消灭工作，并提供50%的费用（外来新城疫或高致病性禽流感为100%，鲑鱼传染性贫血病为60%），作为购买、销毁与处理受污染或接触动物与材料的费用。如果动物在州际间调运或调运前接触了疫病，且不符合州补偿条件，需要销毁的动物与材料的购买、销毁与处理费用将由农业部支出。另外，合作计划中购买、销毁与处理的鸟类仅限于合作协议文件中签订的、对美国养禽业构成威胁的鸟类。还有部长授权的作为发现紧急疫情的其他费用安排。
动物或材料的估价
感染或接触动物、需要销毁的污染或接触材料，将由一名APHIS职员与一名州代表共同进行估价，或经州政府同意，由一名美国农业部动植物卫生检疫局（APHIS）职员单独进行估价。
动物估价应依据市场公平价格和此类动物的肉蛋产量、牛奶或种用价值确定。对同种同类动物可进行群估，若以头估价则每头动物价值相同，若以重量磅估价则每磅同价。
动物估价按照APHIS提供的表格进行报告，内容包括各种动物数量与每头价格、或磅数及每磅价格。
材料的估价按照APHIS提供的表格进行报告，可行的话，应注明标识号码、大小或数量、单价与每类估价材料的总价值。
动物的销毁
感染或接触动物应在估价后立即扑杀，并掩埋或焚毁处理，特殊情况下局长特别规定的例外。由鲤鱼春病毒病或鲑鱼传染性贫血病引发的鱼只死亡造成的损失，在局长批准的情况下，对可挽救的鱼准许出售、加工、或用于其他目的，出售鱼所获得的收益，APHIS将从中扣除为养殖户所支付的补偿数额。
动物的扑杀、掩埋、焚毁或动物尸体依照相关法律进行处理，并应在APHIS职员监督下进行，APHIS职员起草并向局长递交动物鉴定报告，并附上处理说明。
材料的消毒或销毁
为防止疫病扩散，应对疫病污染或接触的材料进行消毒。然而，在所有病例中当消毒成本超过材料价值时，或因故无法实施消毒时，应按相关规定对材料估价后进行销毁。
材料消毒或销毁应在APHIS职员监督下进行，APHIS职员将准备并向局长递交所有材料销毁的鉴定证明，并附上处理说明。
对动物消毒
对接触过疫病、已经隔离的其他非易感动物，必要时按照局长规定的方法进行消毒。
房屋设施、运输工具与材料的消毒
所有设施包括牲畜棚、仓库、畜栏与圈舍，所有汽车、船、飞机、其他运输工具及有关材料等等，根据控制和消灭疫病的需要，在APHIS的监督下进行清洗与消毒。清洗与消毒费用，按照相关规定进行分摊。为防止涉及2002年弗吉尼亚州发生的低致病性禽流感和得克萨斯州发现的H5和H7亚型病毒再次发生，房屋设施必须经过清洗和消毒后至少7天准许再存放禽只，但局长为了保护新到禽只免受感染所规定的时间长短除外。
索赔
索赔应由检疫主管逐项填写局长批准的表格单据，递交APHIS。索赔涉及以下情形：动物价值的补偿，动物的掩埋、焚毁或其他处理费用，销毁材料的价值，销毁的费用开支。
动物或材料的抵押
动物或材料按照本规定销毁后，任何补偿要求必须按照APHIS提供的表格填写并呈送，动物或材料所有人应证明所提及的动物或材料，是否被抵押。如果所有人申明为抵押物，则应由所有人和动物或材料抵押的每位持有者在APHIS提供的表格签名，并附上同意赔偿个人的要求。
不准许索赔的情况
如果受款人没有遵守检疫规定，农业部不许其按照规定提出索赔；农业部不支付销毁动物留养期的看护和饲养费用，但局长特批或同意的除外；农业部对超出动物或材料销毁以外的费用不允许索赔，对已经估价的和书面估价协议已经执行的除外；畜主或其管理人员、雇员或代理人私自转移或处置必须要销毁的动物或材料，违反美国防止畜禽传染病传入或传播的法律法规，也违反了部长签署或已签署合作协议中为控制或消灭疫病而实施的法律法规，农业部对这些销毁的动物与材料不予补偿。
农业部规定对超出鲑鱼传染性贫血病（ISA）销毁鱼只以外的费用不许提出索赔，除非申请人有全面加入由APHIS管理的合作ISA控制项目书面协议，ISA控制项目的加入者履行了本法规定的相关工作要求。
农业部规定对超出鲤鱼春病毒病（SVC）销毁鱼只以外的费用不许提出索赔，除非申请人已经做到并履行了本法规定的相关工作要求。
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